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この損金不算入項目は、匿名組合員においては、一部資産・負債の裏打ちのない純損益の分配となるが、決算上の受入処理を省略し、その損金不算入額を確定申告に当たり所得に加算するとともに、その処分は「その他社外流出」とされる。
任意組合における利益・損失配分方式（純額方式）と同一である。
②営業者法人である営業者は、匿名組合の営業により生じた利益の額又は損失の額については、その利益の額又は損失の額から匿名組合契約により匿名組合員に分配すべき利益の額又は負担させるべき損失の額を控除した残額を当該事業年度の益金の額又は損金の額に算入する。
(2)収益・費用の計上時期営業者は商人であるから毎年１回一定の時期に決算を行うとの前提により、毎年１回一定の時期に決算を行わない場合の特例は定められていない。
①匿名組合員法人である匿名組合員は、匿名組合の営業により生じた損益の額については、たとえ現実に利益の分配を受け又は損失の負担をしていない場合であっても、匿名組合契約によりその分配を受ける又は負担すべき部分の金額を、匿名組合の計算期間の末日の属する事業年度の益金の額又は損金の額に算入する（法基通１４－１－３)。
例えば、匿名組合Ａの計算期間が2000年１月１日から2000年12月31日で、匿名組合員であるＢ法人が事業年度として３月決算を採用しているとする。
この場合、匿名組合の2000年１月１日～１２月31日の計算期間に係る損益は、匿名組合員の2000年４月１日～2001年３月31日の事業年度に係る損益として算入される。
理論的には、各組合員の事業年度に合わせて、その期間における匿名組合の損益を計算すべきであるが、計算の便宜を餅酌すれば、匿名組合員の課税に当たっては、匿名組合の計算期間終了の日の属する事業年度の損益の額に算入する方が都合がよいといえる。
②営業者営業者である法人は、匿名組合の営業により生じた利益の額又は損失の額から匿名組合員に分配すべき利益の額又は負担させるべき損失の額を控除した残額を当該事業年度の益金又は損金の額に算入する（法基通１４－１－３)。
（３）土地等の譲渡に対する土地譲渡重課税の適用不動産投資を行う匿名組合に出資を行っている場合において、当該匿名組合がその不動産を売却することになったとき、土地譲渡重課税の対象となるか否かという問題が生ずる。
この点についての匿名組合員の課税関係は、任意組合の場合と取扱いを異にしており、税務訴訟事件も生じている37)。
法人を営業者とする匿名組合が土地等を譲渡した場合、当該営業者である法人にその譲渡利益金額の全額が帰属するものとして計算される。
この場合、匿名組合員に対する利益の配当は、譲渡利益金額の計算上、直接又は間接に要した費用の額に算入されない（措通63(6)－２)。
これに対して、任意組合においては、各組合員の持分に応じ、譲渡の対価、原価及び経費の額を計算することとされている。
そのため、営業者である法人の譲渡利益金額の計算に大きな差異が生じてくることになる。
つまり、匿名組合員が受ける金額については、土地譲渡重課税が重ねて課されることはなく、営業者がその土地等を譲渡したものとしてこの課税の特例が適用されることになるので、納付すべき土地譲渡補重課の税額を考慮した上で、匿名組合員に分配すべき利益の額が決定されることになる38)。
なお、平成１０年１月１日から平成１２年１２月31日までの間の土地の譲渡等については、土地譲渡課税は適用されない。
２.所得税法上の取扱い（１）匿名組合員個人である匿名組合員については、所得税法基本通達において「匿名組合の組合員が当該営業者から受ける利益の分配は、当該営業者の営業の内容に従い、事業所得又はその他の各種所得とする。
ただし、営業の利益の有無にかかわらず一定額又は出資額に対する一定割合により分配を受けるものは、貸金の利子として事業所得又は雑所得とする。
匿名組合の営業者が組合員に分配する利益の額は、当該営業者のその営業に係る所得の金額の計算上必要経費に算入する」（所基通36.37共一21）と規定されている。
匿名組合に関するこのような取扱いは、匿名組合は一種の共同事業として捉えているものと考えられ、さらに、この取扱いは、民法上の任意組合の取扱い(所基通36.37共一１９）と軌を一にしている。
つまり、匿名組合員である事業参加者が匿名組合から受け取る所得は、当該匿名組合員が共同事業組織の一員としてみることも可能であることから、営業者の営業の内容に従い、事業所得又は各種所得とするという考え方である。
他方、匿名組合への出資に対するリターン、すなわち一種の資産所得として性格を有するものもあるとの考え方がある。
例えば、匿名組合契約といっても、その実態が消費寄託契約や消費貸借契約に非常に近いものがある。
そのため、利益の有無にかかわらず一定額又は出資額に対する一定割合により分配を受けるものは、利益の分配というよりも貸金の利子と考えられ、出資する行為が組合員の事業か否かにより判断され39)、事業所得又は雑所得として課税される。
なお、国内源泉所得に関する規定においては、匿名組合等の利益分配金が資産の運用、保有から生じる所得の一つとして位置づけられている（所法１６１－、所例280①四、法法１３８－、法令177①四)。
（２）営業者商法第536条では、匿名組合員の出資は営業者の財産に帰属し、当該匿名組合員は取引の相手方たる第三者に対して権利義務の主体とならないと規定されているところから、対外的には営業者の単独の営業とみることができる。
したがって、すべての費用・収益は権利義務の主体たる営業者に帰属するものとなり、匿名組合員が１０人以上の場合、利益の分配の際、それに対して源泉徴収の義務を負う（所法210)。
営業者が組合員に分配する利益の額は、営業者のその営業に係る所得金額の計算上必要経費に算入される。
すなわち、営業による収益の額から匿名組合契約に基づき出資者に分配した配当の金額を控除した残額が収益の額として営業者に帰属し、その収益の額が所得として課税される40)。
３.利益の分配についての源泉徴収居住者又は内国法人に対し、（ｉ）事業者が１０人以上の匿名組合員と締結している匿名組合契約（所令288-)、（ii)当事者の一方が相手方に事業のために出資をし、相手方がその事業から生ずる利益を分配することを約する契約で、当該事業を行う者が１０人以上の出資者と締結しているもの（所令288)４１)に掲げる契約に基づく利益の支払をする者は、その支払の際、当該利益の分配につき20％の税率により計算した額の所得税を源泉徴収し、「利子等の所得税徴収高計算書（納付書)」を添えて、その支払をした月の翌月１０日までに納付しなければならない（所法174九、210、211、212③、所令298⑧、327)。
出資者が10人以上であるか否かについては、１年を通じて常時１０人以上であるか否かにより判定する。
しかし、通常１０人であるか否かが明らかでない場合もある。
その場合、匿名組合契約等に基づく利益を分配すべきときの現状により判断される。
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